Nato da una famiglia borghese residente nel quartiere residenziale di Botafogo, Coelho sin da giovanissimo mostra una vocazione artistica ed una sensibilità fuori dal comune. Iscritto alla Scuola Gesuita San Ferdinando, mal ne sopporta le regole - soprattutto l'imposizione della preghiera - pur scoprendo qui la propria vocazione letteraria: il suo primo premio letterario fu vinto infatti in un concorso scolastico di poesia.

Il suo rifiuto per ogni regola di comportamento che gli venga imposta lo porta a contrasti enormi con la madre, che in due occasioni – nel 1965 e nel 1966 – lo fa ricoverare in un ospedale psichiatrico, sinceramente convinto che le ribellioni del figlio fossero da imputare a una malattia mentale. Il successivo e più grave ricovero – in cui lo scrittore fu sottoposto a diverse sessioni di elettroshock – avvenne poi nel 1967, dopo che egli incominciò ad avvicinarsi al teatro, allora reputato fucina di perversioni ed immoralità dalla borghesia brasiliana.

Dopo un breve periodo in cui si dedicò agli studi di economia, per assecondare i voleri del padre, nel 1970 li abbandonerà per poi partire, nei successivi due anni, alla scoperta del mondo; questo tanto per soddisfare il proprio bisogno di esperienze – complice la sua completa immersione nella cultura Hippie del periodo e l’uso di droghe – quanto per evitare il rischio di venire internato nuovamente. Nel 1971 conoscerà Raul Seixas, poeta ribelle, di cui scriverà le presentazioni delle tre opere che quest’ultimo pubblicherà tra il 1973 e il 1976.

Con Seixas si unirà anche alla Società Alternativa, organizzazione anticapitalista dedita a pratiche di magia nera, e pubblicherà una serie di strisce satiriche a fumetti; questo li porterà, nel 1974, ad essere arrestati come sovversivi dalla dittatura brasiliana. Dopo l’incarcerazione ufficiale, Coelho ne subì una ufficiosa: fu rapito dai militari, trattenuto in una caserma e torturato per vari giorni, fino a quando non riuscì a convincerli di essere pazzo – e quindi liberato.

Profondamente segnato da quest’esperienza, abbandonerà l’attivismo politico e partirà per Parigi, nel 1980, con sua moglie. Vi resterà un solo anno, per poi tornare in Brasile, trovare un lavoro provvisorio presso una televisione locale e divorziare. Nel 1979 reincontra una sua vecchia amica, Christina Oiticica, che in seguito diventerà la sua seconda moglie.

Convinto da un uomo incontrato in un caffè di Ginevra, Coelho si riavvicina alla cristianità intraprendendo nel 1986 il Cammino di Santiago, un pellegrinaggio la cui rotta risale al medioevo. L'anno dopo pubblica il suo primo libro su questa esperienza, O diario de um mago (edito in Italia nel 2001 con il titolo Il Cammino di Santiago). In questo libro si trovano le prime tracce di quello che sarà il tema ricorrente della sua produzione: lo straordinario risiede nel cammino delle persone comuni.

Il successo del libro lo spingerà a scrivere L'alchimista, la sua opera di maggior successo. Il libro vende appena 900 copie nella sua prima edizione, per poi esplodere nel 1990; L'alchimista è stato finora il libro di maggior successo mai scritto in lingua spagnola, giungendo anche ad essere inserito nel Guinness dei primati.

Nel 1994 Coelho pubblicherà poi Sulle sponde del fiume Piedra mi sono seduta e ho pianto; nel 1996 seguirà Monte cinque; nel 1997 sarà la volta de Il manuale del guerriero della luce, una raccolta di pensieri filosofici estrapolati dai suoi precedenti lavori.

Con Veronika decide di morire (1998) e Il diavolo e la signorina Prym (2000) chiuderà la trilogia "e nel settimo giorno ..." iniziata con Sulle sponde del fiume Piedra mi sono seduta e ho pianto; i tre libri parlano di una settimana nella vita di tre persone comuni, costrette a confrontarsi con l'amore, la morte e il potere in questo breve lasso di tempo e dover decidere del futuro della propria vita.

Nel 2000 sarà la volta de Le confessioni del pellegrino, a cui seguirà Undici minuti (2003).

Il 2005 è l'anno de Lo Zahir, un grande successo editoriale.

Il 2006 è l' anno de Sono come il fiume che scorre,Pensieri e riflessioni 1998-2005 (2006), è una raccolta di aneddoti, idee e autoriflessioni che lo scrittore compie traendo spunto dal suo ricco corpus letterario.

Nel 2006 viene anche pubblicato Sfide-Agenda 2007 un' agenda dove all' interno è possibile trovare giorno per giorno le citazioni più belle di Coelho. Le sue opere, pubblicate in più di centocinquanta paesi e tradotte in sessantuno lingue, hanno venduto oltre ottantatre milioni di copie.